大根＆アスパラガス

なんか，いっぱいできた大根

と，ワサワサ出てきてるアスパラガス

Java on Debian

DebianでSunのJavaを使う場合のメモです

でびあんでじゃばが非常に参考になります。

ただ，SunのJavaパッケージを取得するのにいつも手間取るの
ですが，アーカイブページから必要なものを持ってくることが出きるはずです．

lennyなマシンでの、java環境。

% dpkg -l | grep -i sun-java
 ii  sun-java5-bin                        1.5.0-11-1                  Sun Java(TM) Runtime Environment (JRE) 5.0 (
 ii  sun-java5-demo                       1.5.0-11-1                  Sun Java(TM) Development Kit (JDK) 5.0 demos
 ii  sun-java5-fonts                      1.5.0-11-1                  Lucida TrueType fonts (from the Sun JRE)
 ii  sun-java5-jdk                        1.5.0-11-1                  Sun Java(TM) Development Kit (JDK) 5.0
 ii  sun-java5-jre                        1.5.0-11-1                  Sun Java(TM) Runtime Environment (JRE) 5.0 (
 ii  sun-java5-plugin                     1.5.0-11-1                  The Java(TM) Plug-in, Java SE 5.0

install SGE (Sun Grid Engine)

http://gridengine.sunsource.net/ からダウンロード。

 * 1.6M 2006-01-25 22:25 sge-6.0u7-common.tar.gz
 * 14M 2006-01-25 22:30 sge-6.0u7_1-bin-lx24-x86.tar.gz

インストールにあたっては，SGE 6.0専用のドキュメントというのは無いそうなので，
N1 Sun Grid Engine 6のドキュメントを参照します．
http://jp.sun.com/documentation/からたどれる
http://docs-pdf.sun.com/817-7678/817-7678.pdf がわかりやすいでしょう．

 mkdir /usr/local/SGE-6.0u7 (sge_root)
 cd /usr/local/SGE-6.0u7
 tar zxvf sge-6.0u7-common.tar.gz         
 tar zxvf sge-6.0u7_1-bin-lx24-x86.tar.gz

 export SGE_ROOT=/usr/local/SGE-6.0u7

ま，やらなくてもいいですが，ファイルのオーナーの確認をしてくれます
 ./util/setfileperm.sh $SGE_ROOT

マスターノード
まず，マスターノードをインストールします
 $ ./install_qmaster

/etc/services に追加しろといわれるので
 # Local services
 sge_qmaster     536/tcp         # SGE Queue manager
 sge_execd       537/tcp         # SGE

以前は，起動スクリプトで失敗したけど，/etc/init.d/ にちゃんといれるどころか，
update-rc.d まで実行してくれました．

環境変数が以下にセットされるので，使うときは source で読みます．
 $SGE_ROOT/default/common/settings.sh
 $SGE_ROOT/default/common/settings.csh

ホストリストの確認
 # qconf -sh

ホストの追加
 # qconf -ah <hostname>

計算ノードのインストールに入る前に実行ホストを qconf -ah で追加しておく必要があります．

計算ノード
 ./install_execd
適当に質問に答えればよい。

うーーーん．なぜか，SGE_QMASTER_PORTが指定されていないと，install_execdの中で
呼んでいる qconf -sh に失敗してしまいます．とりあえず，直接536を指定して，
settings.shの中の unset をコメントアウトしたら進みました．

ちがった．/etc/services に書いておけば大丈夫なようです．

ログインノードの設定
 gateway node ---- compute node 1
                   compute node 2
                   ...
                   compute node N
のような感じで，gateway nodeをSGEマスターノードにする場合があると思います．その場合，
gateway node をマネージャーノードとしてSGEのインストールをして，compute nodeに，計算ノードの
インストールをすると思います．

しかし，この構成の場合，gateway nodeからqsubすることが出来ません．
 $qsub test.sh
 Unable to run job: denied: host "gateway node" is no submit host.
 Exiting.

これを回避するために，
 qconf -as gateway node
として，submit hostとして，gateway node を登録する必要があります．

逆に計算ノードからqsubさせないように
 qconf -ds compute node #
とすることも出来ます．

動作確認
これで、設定は終了です。

マスターノードで qhost として、リストされれば動いています。

 #!/bin/sh
 /bin/hostname

を test.sh という名前で用意して、
 qsub test.sh
すると、test.sh.o1 というファイルができます。ここに、リモートのホスト名が
表示されれば、動作確認終了です。

subaru

懐かしい．．．
すばる望遠鏡観測時に山頂に持ち込むメシ！

時刻がJSTだ．．．たぶん．

すばる 太陽系外縁部の微小天体を発見

国立天文台、総合研究大学院大学、東京理科大学の太陽系研究グループは、すばる望遠鏡を用いて太陽系外縁部に広がる微小天体の発見に成功しました。これまでに同様の天体は 350 個以上も見つかっていますが、日本人グループが発見したのは今回が初めてのことです。

国立天文台発表
MPEC 2001-J33

2011/04/20追記：2001DN108のムービです．