Mewのマスターパスワード（Google2段階認証）

Mewでマスターパスワードを設定すれば，個々のIMAPやPOPのパスワードを覚えなくても良いというのは知ってはいたのですが，なんとなく使っていませんでした．

が，Googleの認証を２段階認証にしてしまうと，アプリパスワードが必要になって，こいつがとてもじゃないけど覚えられたものじゃない．．．8桁の不規則パスワードならなんとか覚えてましたが，12桁は無理．「ほとんどの場合、アプリ パスワードはアプリや端末ごとに一度入力するだけなので、覚える必要はありません。」とか手順書に書かれている通り，パスワードはアプリが記憶するものともう世の中（Google）が決めてしまっているんですね．Mewで起動するたびに入力する時代は終わったか．

というわけで，mewでもパスワードを覚えてもらうために，mew-use-master-passwdを設定しました．GnuPGは，MacPortsでgnupg2を入れました．Mew側はGnuPGのバージョンは複数ケアしてくれてるようです．
% port installed gnupg2
The following ports are currently installed:
  gnupg2 @2.2.5_0+pinentry_mac (active)

gdalでnetCDF

MacPorts の gdal は，netCDF 対応は variants になってるので作り直しました．これを機に，もろもろ variants をつけて対応フォーマットを増やしておきます．

port install gdal +expat +netcdf +geos +hdf4 +hdf5 +xerces

これで，海底地形データ（GEBCO）を読むことが出来るようになります．GEBCO は，Geral Bathmetry Chart of the Oceans の略で，最大30秒角（約1km）の海底地形のグリッドデータのことです．遠地の津波を計算する場合にはとりあえず用いられているようです．

持ってきたのは，Gridded bathmetry data の GEBCO_2014 Grid (30 arc-second interval) の2D netCDFです．不思議なことに，INT16 GeoTIFF (data) を持ってこようとチェックすると，
Selected image size 43200 pixels width by 21600 pixels height (Max size allowed 10800 pixels width by 10800 pixels height)
と怒られてしまいます．フォーマットでピクセル数は変わらないと思うのですが．．． 2D netCDF を持ってくれば良さそうです．

% gdalinfo GEBCO_2014_2D.nc
Driver: netCDF/Network Common Data Format
Files: GEBCO_2014_2D.nc
Size is 43200, 21600
.....

INT16で配布されている GEBCO_2014_2D.nc を JAGURS で使えるように cf (Float32な古いnetCDF形式）にします．

% grdreformat GEBCO_2014_2D.nc GEBCO_2014_2D_cf.nc=cf
（これでちゃんと使えるかの確認はこれから）
　　→ cfに変換するだけでは JAGURS では使えませんでした．その他にもやってあげる必要がありますので別途まとめました．

（余談）秒角と距離の対応：
当然ですが，緯度が変わると経度方向の角度と実距離は変化するので固定ではありませんが，緯度方向は一定になっています．ざっくりですが，赤道（か，少しずれた範囲）を基準に考えて，大凡の実距離に換算できます．

• 10分角 → 約20km（18km）
• 5分角 → 約10km（9km）
• 1分角 → 約2km（1.8km）
• 30秒角 → 約1km
• 10秒角 → 約300m
• 1秒角 → 約30m

なので，世界の地形データでよく使われている SRTM30 の30は，30秒角を意味していて，大体1kmの空間解像度があると分かります．

Mavericks (10.9) から一気に Sierra (10.12) へ更新したった

VMWare Fusionを新しいMacOSに対応させるには，アップグレードパッケージを買わなければいけないのと，とあるVPNソフトが動かなくなるのでMavericks (10.9)のまま維持してきた MacPro と MacBook Air を一気に Sierra (10.12) へ更新したのでメモ．

ダウンロード

何故か，App Store で Sierra で検索してもヒット０なのでどうしたものかと思っていたけど，普通に Google 検索したらここにたどり着いて，App Store 経由でダウンロード＆インストール開始．

日本語入力

Google日本語入力を使っているのですが，どうも動きが怪しいので再インストールで解決．保存しておいた辞書も維持されているので，動作が怪しかったら再インストールで良いと思う．ちなみに，MacPro では必要だったけど，MacBook Air では不要だった．

emacs-w3m

mewでHTMLメールが読めなくなっちゃうので，再コンパイル＆インストール．

ssh関連

sshサーバ

sshサーバにしていて，公開鍵暗号方式を使っていた場合，
I could not login ssh server with my old DSA key.
と言われて，ログインできなくなります．これはかなり重大事件なわけですが，なんのことはない，OpenSSH 7.4 になって，文字通り old DSA key が受け付けられなくなっただけのことなので，クライアントで ecdsa 等（ ssh-keygen -t ecdsa ）で作成しなおせば良い．ただし，Mavericks のOpenSSH では ecdsa はサポートしていないので何か対処は考える必要がある．

sshクライアント

sshサーバが ecdsa をサポートしていない場合，引き続き dsa を使えば良いだけのはずですが，OpenSSH 7.4 は，クライアントでも dsa の使用は認めてくれないので， ~/.ssh/config に
  PubkeyAcceptedKeyTypes=+ssh-dss
などとする必要があります．

ssh-agent

Mavericks では，ssh-agent が必要に応じて勝手に起動してくれていたが，Sierra ではその機能がなくなっている．なので，ssh-agent を明示的に起動して上げる必要がありそう（もっとうまい方法があれば良いのですが．．．）．

ssh-agent > ~/.ssh/.auth
（.authの最終行をコメントアウトもしくは削除）
source ~/.ssh/auth を ~/.zshenv などに追記

MacPorts

公式の Migration 手順に従うのが良いかと思います．
一方で，ざっくりと
sudo port -v selfupdate
だけで凌ぐことが出来るのか，出来ないのか不明です（MacBook Airはこちらの手順）．

emacs-w3m

mew で HTML メールが見られなくなっているので，再インストールすればいいやと思ったのですが， /usr に書き込めなくなったため， sudo make install しても配備出来ません．

基本ディレクトリ関連

/usr に書き込めなくなったのは，前述の通り．これは root 権限でも書き込めないという状態なので，インストール先を別にする必要があります．

標準アプリ

拡張子で判断されるアプリケーションの設定がクリアされてしまいます．面倒ですが，再設定しています．何か方法があるのかもしれませんが．．．加えて，Finder のサイドバーもクリアされてしまうので，再設定してます．

GMT on Mac

JAGURS のファイルが GMT グリッドファイルということなので，いよいよちゃんと GMT を使うべく手元にインストール．MacPorts にあるようなのでそのまま使います．新しいの入れておけば良いだろうと思って， gmt5 をインストールしたけど， grdinfo コマンドが無い．．．

        % port contents gmt5 | grep grdinfo
          /opt/local/share/doc/gmt/html/_sources/grdinfo.rst.txt
          /opt/local/share/doc/gmt/html/grdinfo.html
          /opt/local/share/doc/gmt/man/man1/grdinfo.1.gz

じゃぁ，と思って gmt4 をインストールしたら，変わったディレクトリにコマンドが入ってました．

        % port contents gmt4 | grep grdinfo
          /opt/local/lib/gmt4/bin/grdinfo
          /opt/local/share/doc/gmt4/html/man/grdinfo.html
          /opt/local/share/doc/gmt4/man/man1/grdinfo.1

なので，最後の仕上げに
        export PATH=$PATH:/opt/local/lib/gmt4/bin
を追加して完成．

第一歩として試したかった，JAGURS 付属の海底地形データの情報を取得．zmax を使って，計算ステップ間隔を決定します．
% grdinfo bathy.SD01.grd
bathy.SD01.grd: Title:
bathy.SD01.grd: Command: grdsample -V -R140/147:30/34/43 -I18c /home/babat/data/bathymetry_thk/bathy.thk.27s.grd -Gbathy.whole.grd=cf
bathy.SD01.grd: Remark:
bathy.SD01.grd: Gridline node registration used
bathy.SD01.grd: Grid file format: cf (# 10) GMT netCDF format (float) (deprecated)
bathy.SD01.grd: x_min: 140 x_max: 147.5 x_inc: 0.005 name: x nx: 1501
bathy.SD01.grd: y_min: 34 y_max: 43 y_inc: 0.005 name: latitude [degrees_north] ny: 1801
bathy.SD01.grd: z_min: -2096.24316406 z_max: 9788.53125 name: z
bathy.SD01.grd: scale_factor: 1 add_offset: 0

はぢめてのPython module (PIL)

とあるPythonスクリプトを貰ったら，PILモジュールってのが必要らしい．が，perlならcpanで入れるけど，pythonのモジュールの入れ方知らないぞと．．．いうわけで，メモ．

スクリプトを実行すると，
ImportError: No module named PIL
と言われる．

こちらのブログを参考にさせて頂いて，本家からダウンロード．OSにあったものをと書かれているが，windowsしかバイナリはなさそうなので，ソースを持ってきた．手元のOSは，Mac OS X 10.8.5 です．Mac Book Airなので，色々な噂に基いて Mavericks にはしてません．

% tar zxvf Imaging-1.1.7.tar.gz
% cd Imaging-1.1.7

BUILDMEを見ると，"for lazy programmers" のための手順として，
% python setup.py build_ext -i
% python selftest.py
となってるのでやっておく．詳しくはREADMEということなので見たところ，
% (sudo) python setup.py install
の前にやっておけということのようです．

FreeTypeが無いらしい
_imagingft.c:73:10: fatal error: 'freetype/fterrors.h' file not found
#include <freetype/fterrors.h>

MacPortsでは入っていたので /opt/local/include あたりを見逃しているのかと思ったら，/opt/local/include/freetype が無くて， /opt/local/include/freetype2 になってるのが原因だった．悩みどころだけど， _imagingft.c を修正した．

無事 selftest.py もパスしたので，ブログの手順にあるように，
% sudo python setup.py install
へ進む．

無事，動いた模様．

rmd160が無いと言われて先に進まないMacPortsインストール

新MacOSに，MacPortsを入れて，色々入れようとしたのだが，，，幾つものパッケージが rmd160 ファイルがダウンロード出来ないとごねて，全く先に進めなくなってしまった．時間（？）が解決してくれる場合もあったように思うけど，実際問題としては数が多すぎて，インストールが先に進まないフラストレーション最高潮．

あれこれ試したり，検索してみたりしてもなかなか答えにたどり着けなかったのだが，やっぱり最後は（←最初から読めよ） man port ．チェックサムを使わないとかなんとかその手のものが無いかしらと思っていたら， '-s' が，ソースから限定でインストールとなってる．下記を見る限り，バイナリを持ってきてそうだったので試したところ，すんなり通過＼(^o^)／

% sudo port install bzip2
--->  Fetching archive for bzip2
--->  Attempting to fetch bzip2-1.0.6_0.darwin_13.x86_64.tbz2 from http://jog.id.packages.macports.org/macports/packages/bzip2
--->  Attempting to fetch bzip2-1.0.6_0.darwin_13.x86_64.tbz2.rmd160 from http://jog.id.packages.macports.org/macports/packages/bzip2
Error: org.macports.archivefetch for port bzip2 returned: Failed to fetch signature for archive: The requested URL returned error: 404 Not Found
Please see the log file for port bzip2 for details:
    /opt/local/var/macports/logs/_opt_local_var_macports_sources_rsync.macports.org_release_tarballs_ports_archivers_bzip2/bzip2/main.log
To report a bug, follow the instructions in the guide:
    http://guide.macports.org/#project.tickets
Error: Processing of port bzip2 failed

もちろん，buildするので時間がかかるようになってしまいますが，そんなのはどうでもいい．時間が解決してくれる．

% sudo port -s install bzip2

検索ワード
Failed to fetch signature for archive
The requested URL returned error: 404 Not Found

Emacs mew again II

もう，もっぱらメールの読み書きはGMailのWeb interfaceばっかりになってきたんだけど，いくつか気に入らないところがあるのでmewの環境を再び整えることにした．

Mew 6.6 のソースをダウンロード

まぁ，普通にbuild & install しようかと思ったんだけど，
% /usr/bin/emacs --version | head -1
GNU Emacs 22.1.1

で，emacsが古い！24.x系が推奨されてるので，MacPorts でインストール
% sudo port install emacs
% /opt/local/bin/emacs --version
GNU Emacs 24.3.1

configureオプションでprefixと上で入れたemacs 24.3 を指定する．
% ./configure --prefix=/opt/local --with-emacs=/opt/local/bin/emacs

あとは，00readmeの通り進める．

注意１）
screen を常用しているので，screen emacs として起動していました．もちろん，
% which emacs
emacs: aliased to /opt/local/bin/emacs
はしてあったんだけど，screen の中では /usr/bin/emacs が呼ばれてた！（恐らくPATH順）これにしばらく気が付かなくて，M-x mewしても，cannot load mewが出てきて悩まされた．

早速GMail IMAP ( imap.gmail.com ) に繋いで見ようと思ったが，繋がらない．ミニバッファには，
Creating an SSL/TLS connection...FAILED (cert verify failure)
と表示される．落ち着いて，，，ということで，デバッグモードに入ってログを見てみると，
Starting certificate verification: depth=2, subject=/C=US/O=GeoTrust Inc./CN=GeoTrust Global CA
CERT: Verification error: unable to get local issuer certificate
Certificate check failed: depth=2, subject=/C=US/O=GeoTrust Inc./CN=GeoTrust Global CA
SSL alert (write): fatal: unknown CA
で，CA
となっていた．色々ググって見ると，stunnel が libwrap を使うようになっていて失敗している場合があるらしいが，状況は改善せず．

素直にエラーメッセージを考慮して， ~/.cets/ に関係ありそうなGeoTrustの証明書を入れてみたけど，改善せず．が，Mewのレポジトリにcerts-*.tar.gz とかがある．もしやと思って，全部 ~/.certs/ にぶちこんだところ，成功！

まぁ，基本は GMail web interface を使っちゃいますが，何かの時にはさくっとMewに切り替えると．

MacPorts運用

MacPorts って入れるのはいいけど，ちゃんとメンテナンスをこれまでしてこなかったので痛い目に何度か会った．．．というわけで，メンテナンスをこまめにしようと思うと，cronにしかけたいな．そんな流れ．

$ sudo port selfupdate

$ sudo port upgrade outdated

でも結局この２行をスクリプトにしてcronにしかけるだけだった．．．もうちょっと考えたいけど．

（参考）Beginning OS X Lion/運用編 ←綺麗にまとまっていてわかりやすかった

Emacs 2012 Sep.

4月にEmacs new againとして整理したばかりだが，，，，リンクしていたCarbon Emacsのバイナリを配布していたサイトが，

Http/1.1 Service Unavailable

になっていまっていた．．．．

これはショックということで，出直しなのだけど，こちらで見たMacPortsのemacs-appにしてみることにした．

$ sudo port install emacs-app +patches

とりあえずこれで

MacPorts for Mountain Lion

なんか，バージョンば上がるたびに手順変わるからめんちいですな．


まず，MacPortsそのものを持ってくるも，Xcodeまず入れろやとなる．

で，Xcodeはどこだろな？と探すと，実はApp Storeから入れることになっていた．これは便利になったもんだと思って入れて（1.5GBだったのでdownloadに時間がかかったけど），さあ，ssh入れて環境作るべと思ったらまだダメ．

% sudo port install openssh
Warning: xcodebuild exists but failed to execute
Warning: Xcode does not appear to be installed; most ports will likely fail to build.
Warning: The Command Line Tools for Xcode don't appear to be installed; most ports will likely fail to build.
Warning: See http://guide.macports.org/chunked/installing.xcode.html for more information.
--->  Computing dependencies for opensshError: Unable to execute port: can't read "build.cmd": Failed to locate 'make' in path: '/opt/local/bin:/opt/local/sbin:/bin:/sbin:/usr/bin:/usr/sbin' or at its MacPorts configuration time location, did you move it?

なんと，XcodeのCommand Line Toolsを別途さらに入れなくてはいけなくて，Downloads for Apple Developersから持ってくる必要がある．ここを参考にさせていただいた．注意書きは，リストで見えているCommand Line Toolsじゃなくて，Xcodeの中のCommand Line Toolsじゃなきゃダメよという事のようです．XcodeのMore Developer Toolsでたどり着けます．

Xcode > Open Developer Tool > More Developer Tools...

Command Line Tools OS X Mountain Lion in "Xcode 4.4.x"

とブログを書いている裏では，ずっと install openssh が走ってるみたい．javaも追加ダウンロードするけどいいか？ってポップアップが出てきた．

MacPorts

まず、色々ものを入れるためにはMacPortsをいれることになるのでしょう。Finkという解もあるらしいのですが、とりあえず、考えるのをやめて、MacPortsにしました。

MacPortsのサイトからダウンロードしてインストールすれば使えるようになります。MacPortsは言わばパッケージ管理ツールなので、それだけでは何も進化しません。基本的な使い方をまとめると

port search keyword
パッケージ探し。port search emacsなどとすれば、emacsが含まれるパッケージリストが出てきます．

port list
探すまでもなく、全部をリストする

port deps package_name
パッケージの依存関係をみる。インストールする前に、特にMacPorts入れたての頃は、依存関係によってどれくらいのパッケージが入ってくるのかはみた方がいいでしょう。emacs一つ入れるだけのつもりが大量のパッケージのダウンロードが始まってしまいます．

port variants package_name
これもインストール前に重要。例えば、w3m のvariantsをみると、imageをインラインで表示するとかのオプションが選択できるようになっている。

sudo port install package_name [+variants]
これで、いよいよインストール。管理者権限が必要になるので、sudoしましょう。特に何も選択なしにインストールするには、port install w3mで十分。一方で、variantsを指定する場合には、installの後ろに+inline_image_imlib2 (w3mの場合)などとする必要があります。

sudo port selfupdate
最後に必要なのが、更新。入れっぱなしは良くないので、適宜更新を確認しましょう。