2017/12/20

JAGURS on Mac (High Sierra)

*** 最近のMacPorts はproj がバージョン5になって,ディレクトリ構造が変わったので Makefile も更新しています.最新の記事を参照して下さい. ***

JAGURSをMacで使う手順は,JAGURS on Mac でまとめましたが,手元がHigh Sierraになったので仕切り直し.

ライブラリ関係は,MacPorts で入れてます.
  • NetCDF
    • netcdf @4.4.1.1_1+dap+netcdf4 (active)
    • sudo port install netcdf +dap +netcdf4
  • netcdf-fortran @4.4.4_1+gcc7 (active)
    • sudo port install netcdf-fortran +gcc7
  • PROJ4
    • proj @4.9.3_0 (active)
    • sudo port install proj
  • FFTW3
    • fftw-3 @3.3.5_1+gfortran (active)

netcdf-fortran の variants を +gcc7 にしました.

HPC for Mac OS X は,High Sierra 版がないので,Sierra 対応な 7.1 を入れました.大事なことを書き忘れていた気がします.JAGURSは,V0407 です.Makefile前回の記事から変更していません.


2017/12/14

Mac OS X の mail コマンドでメールを送る

外向けの 25 番ポートが塞がれているというのはよくある話かと思います.その場合,Postfix の設定ファイルである /private/etc/postfix/main.cfrelayhost を設定してあげれば動くようになります.

relayhost = smtp.example.org

確認は, /var/log/mail.log で出来ます.

あとは,,,認証が入っていることが殆どだと思いますので,その場合は,
relayhost = smtp.gmail.com:587

# GMail SMTP confguration
smtp_sasl_auth_enable = yes
smtp_sasl_password_maps = hash:/etc/postfix/sasl_passwd
smtp_sasl_security_options = noanonymous
smtp_sasl_tls_security_options = noanonymous
smtp_sasl_mechanism_filter = plain
smtp_use_tls = yes
のように設定することが出来ます(GMailの例).

パスワードを設定している /etc/postfix/sasl_passwd は,
smtp.gmail.com:587 username:password
のように記述します.

ほぼ自分用のメモでした...

2017/12/12

Emacs利用のためのiTerm2設定

iTerm2内のEmacsでMewを快適に使うためのキーバインディングを書いてましたが,自分でも新しいマシンに同じ設定をするのが面倒なのでまとめ.

⌘-d ⇒ M-d
⌘-x ⇒ M-x
⌘-< ⇒ M-<
⌘-> ⇒ M->
⌘-u ⇒ M-u
⌘-w ⇒ M-w
⌘-q ⇒ M-q
⌘-% ⇒ M-%

(副作用)
⌘-w ・・・ Windowのcloseが出来なくなります.が,ターミナルの場合は,exit (C-d)でclose出来るので弊害はない.
⌘-q ・・・ iTerm2の終了が出来なくなりますが,exitで各windowをcloseしてあれば,⌘-qがiTerm2の終了として動作します.

(禁忌)
⌘-v ・・・ こいつはペーストなのでやらない
⌘-$ ・・・ スクリーンショットの呼び出しと衝突する

具体的な手順は,iTerm2内のEmacsでMewを使うに書いてあります.

(修正履歴)
2018/02/01 ⌘-q を忘れていたので追記

2017/12/06

JAGURSのデータをQGISで表示する

JAGURSで扱うデータは,NetCDFのちょっと古いバージョンですが標準フォーマットなので,GMTだけではなくQGISでも表示できるはずです.ということで,やってみました.

まずは,JAGURS用に変換した標高データ(gebco2min.grd)です.レイヤーの追加で,座標参照システムとして,EPSG:4326(WGS84な緯度経度)を選択します.


それだけで,モノクロで表示されます.ただし,水深が正の値なので海が白くなってしまいます.


色を付けるには,プロパティ→スタイルで,レンダータイプを「単バンド疑似カラー」にします.色は,RdYIBuにしてみました.負の値が赤に割り当てられていますが,今は水深が正の値なので反転はさせないでおきます.


可視化結果が以下の通り.色は,,,これが良いと言うわけではないので(お薦めを見つけたら書き直します)自由に選んで下さい.


ここに,計算結果のSD01.zmax.grdをオーバーレイします.レイヤーの追加で同じくEPSG:4326を指定すれば読み込み完了です.このデータは正のデータだけとりあえず見たいので,0から1の間で白から赤にします.



これだと,既に読み込んである地形データが白で上塗りされてしまってもったいない状態です.プロパティ→透過性で,「画面から値を追加」で陸域を透過設定します.また,追加のデータなし値に0を追加して波が届かなかった場所を背景の地形にします.


結局,最大波高の色をYIOrRdにしています.

見やすいとは言い難いですが,以下のようになりました.