遠地の波形

Baba et al. (2016) で提案されているSD+EL+GPの計算はJAGURSで出来ますが，EL (Elastic Loading) を有効にするため，

with_elastic_loading=1

として，パッケージとして配布されている

m_pyfile='PREM_Ggz.nc'

を使うと，GPも含んでいるため，漏れなく gravitational potential change も付いてきます．マニュアルには書かれていませんが，パッケージに入っている PREM_Gz.nc を使うと，ELのみが適用されるようです（確認中）．

海⽔密度効果は，独立に

with_density=1

を設定することで有効に出来ます．

If you specify

with_elastic_loading=1

option to apply elastic loading in your simulation using PREM_Ggz.nc file which is included in JAGURS package, the gravitational potential change is also adopted. Because PREM_Ggz.nc contains not only elastic loading but also gravitational potential change. If you omit GP, PREM_Gz.nc should be set as m_pyfile parameter. 

Error発生：
netcdf err=-51 in file=PREM_Ggz.nc
これは， https://www.unidata.ucar.edu/software/netcdf/docs/nc-error-codes.html によると，"Not a netcdf file"．

どうやら，ライブラリ関係が古かったためだったよう．ただし，詳細は詰めていない．
動いてた環境（MacPorts）：
  hdf5 @1.10.5_0+cxx+hl (active)
  netcdf @4.6.3_0+dap+netcdf4 (active)
  netcdf-fortran @4.4.5_5+gcc7 (active)

駄目だった環境（Source build @linux）：
  hdf5-1.8.19
  netcdf-4.4.1.1
  netcdf-fortran-4.4.4

駄目だった環境（linux）で，hdf5-1.10.5, netcdf-c-4.6.3, netcdf-fortran-4.4.5 を使ったところ，問題なくELが計算できた．

If you have an error of "netcdf err=-51 in file=PREM_Ggz.nc", please update hdf5 and netcdf libraries. I'm not sure the real reason, but I succeeded to execute JAGURS with hdf5-1.10.5, netcdf-c-4.6.3 and netcdf-fortran-4.4.5 instead of hdf5-1.8.19, netcdf-4.4.1.1 and netcdf-fortran-4.4.4.

JAGURSのNCDIO

スパコンじゃないにしても，大量に計算をする場合に出力ファイル数というのは意外と気をつけなければいけません．JAGURSでは，NCDIOオプションを付けてコンパイルすることで，初期⽔位，⽔位変動，最⼤波⾼，最⼩波⾼，到着時刻分布をドメイン毎に１つのファイルにまとめてくれる機能があります．

※ 利用しての気付きとして，計算をやり直す時などに既にSD01.ncファイルが存在しているときちんと計算結果が出力されないという制限があります．計算をやり直す前に出力ファイルを一旦消してから実行する必要があるようです．

Makefileに

OUTPUT=NCDIO

を指定するか，

make -e OUTPUT=NCDIO

などのようにコマンドライン引数で指定します．

まとまったファイルに何が入っているかは，NetCDFパッケージに含まれている以下のコマンドで確認することが出来ます．
ncdump -h SD01.nc

そして，例えば，最大波高（max_height）を抽出するには，GMTのgrdreformat が使えます．
grdreformat SD01.nc\?max_height SD01.zmax.grd

もちろん，QGIS等のGISソフトに対しては，SD01.nc をそのまま入力することが出来ます．

JAGURSのNaN

JAGURSの計算結果には陸域（水が届かなかったメッシュ）のデータは含まれません．一方で，出力は２次元のメッシュデータなので何かの値が入っています．どうやら，それが -10000000000 のようです．これを無視してしまうと（というか，autoscaleで描画すると）以下のようになってしまいます．

これは，海に値が入っていないわけでも，陸が黒いわけでもなくて，データなしの -10000000000 が負に大きすぎて黒くなっているに過ぎません．なので，陸域の点を使って透明にしてあげて，色をつけてあげます．

右の２番めのアイコンを使うと，画像の点を指定して透明にする値を入力できます．

これをApplyすると，背景の地図が見えるようになります．

背景（地形図）が見えるようになりましたが，レンジが適切ではないので波が表示されないので，調整します．

これで見た目も良くなりました．

直交座標系での計算

JAGURSで直交座標系（CARTESIAN）で計算するには，Makefileで
    #CARTESIAN=ON
を有効にするために#のコメントアウトを外します．

従って，球座標（JAGURSのデフォルト）で作成したバイナリとは別になりますので時々で使い分ける場合はファイル名を変えるなり，ディレクトリを別にするなりしておく必要があります．

OpenTSUNAMI （杞憂プロジェクト）はぢめます．詳しくは後日．

Open TSUNAMI（オープン津波）とか称してオープンソースソフトであるJAGURSとオープンデータ（広義）を使って色々やってみることにしました． https://t.co/hsjagQXTkg

— 山本直孝 (@naotakayamamoto) 2017年12月21日

JAGURS on OSX (Brief summary in en)

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I succeeded to compile and run JAGURS on Mac OSX in the following steps.

1. Install libraries via MacPorts

$ port install netcdf +dap +netcdf4
$ port install netcdf-fortran +gcc8
$ port install proj
$ port install fftw-3 +gfortran
$ port install szip

2. Install compiler from HPC Mac OS X compiler.

3. Download JAGURS from GitHub

4. Modify Makefile using CC=/usr/local/bin/gcc and FC=/usr/local/bin/gfortran. You should use -cpp option in gfortran command line to use preprocessor and -fopenmp option to use OpenMP directive. OR download Makefile.MacOSX.0500 and save as Makefile in src/ directory (diff patch).

日本語はこちら．