2018/11/09

JAGURSのNaN

JAGURSの計算結果には陸域(水が届かなかったメッシュ)のデータは含まれません.一方で,出力は2次元のメッシュデータなので何かの値が入っています.どうやら,それが -10000000000 のようです.これを無視してしまうと(というか,autoscaleで描画すると)以下のようになってしまいます.
これは,海に値が入っていないわけでも,陸が黒いわけでもなくて,データなしの -10000000000 が負に大きすぎて黒くなっているに過ぎません.なので,陸域の点を使って透明にしてあげて,色をつけてあげます.
右の2番めのアイコンを使うと,画像の点を指定して透明にする値を入力できます.
これをApplyすると,背景の地図が見えるようになります.
背景(地形図)が見えるようになりましたが,レンジが適切ではないので波が表示されないので,調整します.

これで見た目も良くなりました.

直交座標系での計算

JAGURSで直交座標系(CARTESIAN)で計算するには,Makefileで
    #CARTESIAN=ON
を有効にするために#のコメントアウトを外します.

従って,球座標(JAGURSのデフォルト)で作成したバイナリとは別になりますので時々で使い分ける場合はファイル名を変えるなり,ディレクトリを別にするなりしておく必要があります.

OpenTSUNAMI (杞憂プロジェクト)はぢめます.詳しくは後日.

2018/11/05

JAGURS on OSX (Brief summary in en)

I succeeded to compile and run JAGURS on Mac OSX in the following steps.

1. Install libraries via MacPorts

$ port install netcdf +dap +netcdf4
$ port install netcdf-fortran +gcc8
$ port install proj
$ port install fftw-3 +gfortran
$ port install szip

2. Install compiler from HPC Mac OS X compiler.

3. Download JAGURS from GitHub

4. Modify Makefile using CC=/usr/local/bin/gcc and FC=/usr/local/bin/gfortran. You should use -cpp option in gfortran command line to use preprocessor and -fopenmp option to use OpenMP directive. OR download Makefile.MacOSX.0500 and save as Makefile in src/ directory (diff patch).

日本語はこちら

gdalでnetCDFをFITSに変換する

GEBCOを紹介したら,天文な方からFITSで無い?と言われたので,変換してみた.

地震津波の分野では,NetCDFがよく使われています.もちろん,リモセンの時にも見てたので色々な分野で使われていると思います.一方,MacPortsのデフォルトのgdalではサポートしていないので,variants で指定する必要があります.

1年前にgdalでnetCDFを使うために,以下のようにしていました.
port install gdal +expat +netcdf +geos +hdf4 +hdf5 +xerces

さらにFITS も扱えるようにするため,さらにproj4を忘れていたようなので,以下のように作り直し(正確には新しいMacBookで新規インストール)ました.
port install gdal +expat +netcdf +geos +hdf4 +hdf5 +xerces +cfitsio +proj4

% gdalinfo GEBCO_2014_2D.nc | head -1
Driver: netCDF/Network Common Data Format
こんな感じで読めたのを確認しました.

% gdal_translate GEBCO_2014_2D.nc -of FITS GEBCO_2014_2D.fits
で変換.どうやって確認しようかなと思ったら,MacPotsに ds9 が入ってました!これは驚き.

ds9 @7.6b8_1 (science, graphics)
    SAOImage DS9 astronomical imaging and visualization application

% foreach i ({0..23})
dd if=GEBCO_2014_2D.fits iseek=$i bs=80 count=1 2>/dev/null && echo
end
SIMPLE  =                    T / file does conform to FITS standard
BITPIX  =                   16 / number of bits per data pixel
NAXIS   =                    2 / number of data axes
NAXIS1  =                43200 / length of data axis 1
NAXIS2  =                21600 / length of data axis 2
EXTEND  =                    T / FITS dataset may contain extensions
COMMENT   FITS (Flexible Image Transport System) format is defined in 'Astronomy
COMMENT   and Astrophysics', volume 376, page 359; bibcode: 2001A&A...376..359H
LONGSTRN= 'OGIP 1.0'           / The HEASARC Long String Convention may be used.
COMMENT   This FITS file may contain long string keyword values that are
COMMENT   continued over multiple keywords.  The HEASARC convention uses the &
COMMENT   character at the end of each substring which is then continued
COMMENT   on the next keyword which has the name CONTINUE.
HIERARCH LAT#AXIS = 'Y       '
HIERARCH LON#AXIS = 'X       '
END

ヘッダも出来てた.

が,,,180度回転してるな...

ImageMagickのconvert で -rotate 180 で回転は出来たものの,出力されたFITSは正の値しか持ってなかった.一度値を変換して,ほげほげすれば出来そうな気もするけど,一旦おしまい.

(追記 11.8)
ファイルがでか過ぎてマカリで開けなかったという連絡が来たので,半分に解像度を落とす.
 % grdsample  GEBCO_2014_2D.nc -GGEBCO_2014_2D_1min.nc -I1m
 % gdal_translate GEBCO_2014_2D_1min.nc -of FITS GEBCO_2014_2D_1min.fits

これで,サイズは1/4と思ったら,Float32になっちゃってて半分にしかならなかった...