JAGURS on MacOS Big Sur with homebrew

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自分の環境のパッケージ管理を MacPorts から homebrew に乗り換えたりしたので改めてJAGURS を作り直してみる．ソースコードは，github から latest release になってる V0515a を持ってくる．使う環境は以下の通り：

MacBook Air (13-inch, 2017)

2.2GHz dual core Intel Core i7

8GB 1600MHz DDR3 memory

Big Sur

ライブラリのインストール

% brew install gmt fftw

 どうやら，proj_api.h が標準include pathに入ってくれなくなった？ようです．ので，

% find /usr/local -name proj_api.h

で探して，出てきたディレクトリを 

PROJ4_DIR=/usr/local/Cellar/proj@7/7.2.1

のように設定して下さい．以下のMakefileでは設定されていません （汚い）．

Makefileの編集（編集後のファイルをリンク先に置いておきます）

Makefile@ -> Makefile.SC_ICE されてるので，とりあえず解除してから編集しています．編集箇所は，コンパイラを gcc-10, gfortran-10 にして，ライブラリ関係を /usr/local に設定． -lfftw が必要．MPI= なしに設定．-openmp は -o penmp として機能してしまうので， -fopenmp に修正．

% rm Makefile

% cp Makefile.SC_ICE Makefile

% rcsdiff Makefile

===================================================================

RCS file: Makefile,v

retrieving revision 1.1

diff -r1.1 Makefile

2c2

< FC=ifort

---

> FC=/usr/local/bin/gfortran-10

7,9c7,9

< PROJ4_DIR=/home/G10004/t-katou/JAGURS/local

< CC=icc

< CFLAGS=-g -traceback -I$(PROJ4_DIR)/include

---

> PROJ4_DIR=/usr/local

> CC=/usr/local/bin/gcc-10

> CFLAGS=-I$(PROJ4_DIR)/include

12c12

< BASE=-fpp -assume byterecl

---

> BASE=-cpp

18c18

< FFTW3_LIB=-mkl=sequential

---

> FFTW3_LIB=-lfftw3

23c23

< OPT=-O2 -openmp -openmp-report2 -I$(FFTW3_INCLUDE_DIR)

---

> OPT=-O2 -fopenmp

27c27

< NETCDF=/opt/atlocal/netcdf/4.1.3

---

> NETCDF=/usr/local

31c31

< LIBS=-i-dynamic -L$(NETCDF)/lib -lnetcdff -lnetcdf -L/opt/atlocal/supplibs/lib -lhdf5_hl -lhdf5 -lcurl -lsz -L$(PROJ4_DIR)/lib -lproj $(FFTW3_LIB) # for NetCDF4!

---

> LIBS=-L$(NETCDF)/lib -lnetcdff -lnetcdf -lhdf5_hl -lhdf5 -lcurl -lsz -lproj $(FFTW3_LIB) # for NetCDF4!

47c47

< MPI=ON

---

> MPI=

あと，mapproject.c の修正が必要です．#include <proj_api.h> の前に #define ACCEPT_USE_OF_DEPRECATED_PROJ_API_H を追加します．

% rcsdiff -p mapproject.c

===================================================================

RCS file: mapproject.c,v

retrieving revision 1.1

diff -p -r1.1 mapproject.c

*** mapproject.c        2020/11/25 05:49:41     1.1

--- mapproject.c        2020/11/25 05:50:08

***************

*** 1,6 ****

--- 1,7 ----

  #include <stdio.h>

  #include <string.h>

  #include <stdlib.h>

+ #define ACCEPT_USE_OF_DEPRECATED_PROJ_API_H

  #include <proj_api.h>

  static  projPJ pj_tmerc, pj_latlong;

 

Matplotlib on Mac

http://ekbo.blogspot.com/2020/02/matplotlib-on-mac-homebrew.html

混沌としてきた．Catalina にアップグレードするタイミングで， Python 3.8 が供給されたのか，タイミングは分からないけど，自分にとっては同時になってしまった．

>>> import matplotlib.pyplot as plt
ImportError: numpy.core.multiarray failed to import
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/opt/homebrew/lib/python3.7/site-packages/matplotlib/__init__.py", line 205, in <module>
    _check_versions()
  File "/opt/homebrew/lib/python3.7/site-packages/matplotlib/__init__.py", line 190, in _check_versions
    from . import ft2font
ImportError: numpy.core.multiarray failed to import

発端はこいつ．Pythonでグラフが書けなくなった．何が起きているのか全く分からなかったのだが，

% brew search python3

で判明．python@3.8 が供給されていて，インストールされている！！何かが起きても仕方がない状況が生じてしまったようだ．．．諦めて，

% /opt/homebrew/opt/python@3.8/bin/pip3 install matplotlib

で入れ直し．動いた．3.7 の削除をすべきか？

ps.
pipにしようかどうしようかと思っていたところもあったが，brewでpython入れると，

# You can install Python packages with
# /opt/homebrew/opt/python@3.8/bin/pip3 install <package>

って言われてる．従え．

montageでフォントエラー

何故か， montage で画像を連結しただけで，フォントエラー

montage: unable to read font `helvetica' @ error/annotate.c/RenderFreetype/1391.

が出た．

対処作が簡潔すぎて驚いたのだが，gs (ghostcript) を入れたら解決とな．．．

% brew install gs

参考）

https://apple.stackexchange.com/questions/224285/why-does-image-magick-fail-to-read-fonts

sshpass on Homebrew

MacPorts から， HomeBrew へ乗り換えを進めています．

% brew install sshpass
Error: No available formula with the name "sshpass"
We won't add sshpass because it makes it too easy for novice SSH users to
ruin SSH's security.

１つ，移行が出来なかったのが sshpass．まぁ，言ってることも分からんでもない．が，今どきログインパスワード（公開鍵を使ってない）な時点で意識低いということで，自分専用端末からだけは使う．

macOS に Homebrew で sshpass をインストールするに書かれているようなHomebrew の中でなんとかする！という方針もありですが，それも面倒なので，ソースから．

どこにあるかは，port に教えてもらう．
% port info sshpass | grep Homepage
Homepage:             http://sourceforge.net/projects/sshpass/

私の趣味的には， ~/local なので，
% ./configure --prefix=$HOME/local
% make
% make install

JAGURS compilation using Homebrew on MacOS

まだ MacPorts 使ってるの？とか言われてしまったので， Homebrew へ．主に何に使ってたかと言うと， JAGURS なので，まずは JAGURS がコンパイル出来るように整備してみた．

が，Makefile のバージョン管理に RCS 使ってたので，先ずは，
% brew intall rcs

それ以前としては， /usr/local に入っている HPC compiler を上書きさせないために， /opt/homebrew をインストール先にした．参考にした記事はこちら．
cd /opt
sudo mkdir homebrew
sudo chown ${USER}:staff homebrew
curl -L https://github.com/Homebrew/brew/tarball/master | tar xz --strip 1 -C homebrew

依存ライブラリのインストール
 % brew install netcdf
 % brew install proj
 % brew install fftw
（伴って gcc のインストールも始まっていて重い・・・）

Makefile:
PROJ4_DIR=/opt/homebrew
FFTW3_INCLUDE_DIR=/opt/homebrew/include
NETCDF=/opt/homebrew

% make
In file included from mapproject.c:4:
/opt/homebrew/include/proj_api.h:37:2: error: #error 'To use the proj_api.h you must define the macro ACCEPT_USE_OF_DEPRECATED_PROJ_API_H'
 #error 'To use the proj_api.h you must define the macro ACCEPT_USE_OF_DEPRECATED_PROJ_API_H'
  ^~~~~

mapproject.c で，proj_api.h を include する前に， ACCEPT_USE_OF_DEPRECATED_PROJ_API_H を定義してあげると， make が通るようになります．

% cat mapproject.patch
*** mapproject.c        2019/12/11 20:49:39     1.1
--- mapproject.c        2019/12/11 20:51:04
***************
*** 1,6 ****
--- 1,7 ----
  #include <stdio.h>
  #include <string.h>
  #include <stdlib.h>
+ #define ACCEPT_USE_OF_DEPRECATED_PROJ_API_H
  #include <proj_api.h>

  static  projPJ pj_tmerc, pj_latlong;

もしくは，proj をバージョン5にするという解決策もあるようですが，，，悩みどころ．

参考までに，GitHub上のOSGeoのチケット．